Este servicio tiene como finalidad determinar si el organismo o empresa auditada protege y emplea sus recursos de manera económica y eficiente, establecer las causas de ineficiencias o prácticas antieconómicas y evaluar el cumplimiento de los objetivos de la administración.
La auditoría operativa está centrada en evaluar de forma exhaustiva el empleo de los recursos, sistemas y controles con los que cuenta la empresa para conocer si son utilizados de forma eficiente y de calidad para lograr los objetivos empresariales.